The English noun "the order" has a lot of different meanings. You can place an order in a restaurant, give an order, put things in an order, and you can instil or restore order. 

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In German, there are separate words for all of these nouns. For example, the verb for ordering in a restaurant is bestellen and the corresponding noun is die Bestellung. 

Hallo. -Guten Tag. Ihre Bestellung. Zahlen Sie zusammen oder getrennt?

Hello. -Hello. Your order. Will you pay together or split the bill?

Caption 3, Nicos Weg: Zahlen, bitte!

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When we talk about putting something in a specific order, the noun is die Reihenfolge. 

Ihr könnt nach den neuesten Videos, den ältesten Videos, in alphabetischer Reihenfolge oder nach den schwierigsten oder einfachsten Videos filtern.

You can filter by the newest videos, the oldest videos, in alphabetical order, or by the most difficult or easiest videos.

Captions 29-31, Yabla: Videos filtern

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An order in the sense of a command is der Befehl in German.

Ich verstehe nur, dass ich den Befehl habe, hier niemanden passieren zu lassen, Herr Oberst.

I only understand that I have the order to not let anyone pass through here, Colonel.

Caption 51, Die Stunde der Offiziere: Dokudrama über den 20. Juli 1944

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The word der Auftrag has a number of other possible translations, including "the commission," "the task," or "the duty." But it can also imply an order. 

Das GEOMAR-Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung rechnet mit einem entsprechenden Auftrag, mit der Suche im Meer zu beginnen.

The GEOMAR Helmholtz Center for Ocean Research expects, with a corresponding order, to begin the search in the sea.

Captions 3-4, Mini-U-Boot: Verschwundene Boeing

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When we talk about things being in order or keeping things in order, the noun die Ordnung is used. The phrase in Ordnung often simply means that everything is fine. But in all the cases above, the word die Ordnung is actually a false friend!

Und ich liebe es auch, Ordnung zu halten auf meinem Schreibtisch.

And I also love keeping order on my desk.

Caption 69, Deutsch mit Eylin: Dinge auf meinem Schreibtisch

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Und alles scheint in Ordnung zu sein.

And everything seems to be in order.

Caption 65, Berufsleben: das Vorstellungsgespräch

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Der bedeutet so viel: „Es ist alles in Ordnung.“

It means, more or less, "Everything is fine."

Caption 27, Die letzten Paradiese: Die Schönheit der Alpen 1

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Further Learning
You'll find more examples of all of these words used in context on Yabla German.